È unita al fianco destro della Basilica Cattedrale, la chiesa con pianta a croce greca, fulgido esempio di architettura neoclassica, è dovuta a Giovan Battista Gianni da Milano (1704-1741) che riprese con particolare vigore gli schematismi del Vanvitelli, presenti in molte chiese coeve del napoletano. Facciata in due ordini e frontone sul portale, quale elemento di spoglio, artistica statua della Santa del sec. XIV. La chiesa fu eretta a spese del Comune, essendo S. Reparata, patrona della città. Caso curioso è che si tratta della stessa Santa patrona di Firenze; la “leggenda” vuole che S. Reparata tenne fra le sue mani la città di Atri durante un terribile terremoto impedendole di crollare, ed è così che la vediamo raffigurata dal De Litio all’interno della Cattedrale.

L’interno è arricchito da altari barocchi in stucco. Uno splendido baldacchino in noce attrae l’attenzione dei visitatori. È di Carlo Riccioni che vi lavorò circa tredici anni dal 1677 al 1690. Chiare assonanze di questo tabernacolo con quello bronzeo in S. Pietro a Roma, dovuto al fatto che lo stesso Riccioni fu tra gli allievi di Lorenzo Bernini.

Oggi lo stemma cittadino in essa conservato e reputato il più antico è causa di discordia per la determinazione dei colori cittadini. Infatti questo stemma presenta i colori molto più nobili Rosso-Blu e non Rosso-Verde come fino ad oggi si riteneva, in seguito ad un omaggio, forse, all’Italia liberale.