Eretta molto probabilmente grazie al beato Fra Filippo Longo di Atri, settimo compagno di Francesco d’Assisi poco prima o immediatamente dopo la morte di quest’ultimo nel 1226, fu ampliata nel 1296 quando i frati si misero in gara con i domenicani, che stavano erigendo la loro chiesa, e ristrutturata dal Fontana di Penne nel 1716. Già nel 1240 vi erano in Atri alcuni Frati Minori Conventuali insieme ad un tale frate Andrea, di santa vita. Verso il 1270 sorse l’annesso convento, cui partecipò il Comune un versamento economico a Fra Bernardo da Raiano. Vi si accede salendo una scalinata maestosa con balaustra in pietra di Pretoro, realizzata con chiaro effetto scenografico. È tutta un gioco di linee curve e spezzate che culminano nella facciata di struttura dinamica e classica compostezza, inserita efficacemente nella tradizione del Barocco monumentale. Nella formella, al di sopra del portale “S. Francesco riceve le stimmate” è un esemplare di vigorosa e plastica composizione in stucco.

L’interno a croce latina, ha otto cappelle laterali decorate con pregevoli opere in stucco settecentesco di scuola napoletana. Da notare quelle barocche di San Francesco e di S. Antonio da Padova per l’accuratezza dell’esecuzione ed il fastoso ornatismo. Affreschi deteriorati del Trecento si conservano sulle pareti diroccate del primitivo abside e sale del convento.